В легких случаях энцефалита, которые могут быть ошибочно приняты за грипп, лечение может состоять только из:

• Постельного режима
• Обильного питья

Приема противовоспалительных и жаропонижающих препаратов для облегчения боли и лихорадки, например, ацетаминофена (Тайленол), ибупрофен (Адвил) и напроксен натрия.

Противовирусные препараты
Если причиной энцефалита является вирусная инфекция, требуется внутривенное введение противовирусных препаратов. Обычно применяют следующие препараты:

• Ацикловир (Зовиракс)
• Ганцикловир (Цитовен)
• Фоскарнет (Фоскавир)

Некоторые вирусы, например те, что переносятся насекомыми, не реагируют на эти препараты. Однако, поскольку возбудитель может не быть идентифицирован, обычно лечение начинают с введения ацикловира. Этот препарат может быть эффективен против вируса простого герпеса. Вирусный энцефалит, вызванный вирусом простого герпеса, без своевременного лечения может привести ко множеству осложнений и к летальному исходу.

Побочные эффекты противовирусных препаратов включают тошноту, рвоту, диарею, а также боли в мышцах или суставах. В редких случаях происходит нарушение функции почек и печение или подавление активности костного мозга. Для контроля за развитием серьезных побочных эффектов необходимо лабораторное наблюдение.
Поддерживающая терапия
Пациентам с тяжелым течением энцефалита, находящимся в стационаре, может требоваться проведение интенсивной терапии :

• Респираторная поддержка и мониторное наблюдение за функцией дыхания и работой сердца
• Внутривенное введение жидкостей  для поддержания нормального водного и электролитного баланса организма
• Противовоспалительные препараты,  например, кортикостероиды, уменьшающие отек мозга и внутричерепное давление
• Противосудорожные препараты,  например, фенитоин (Дилантин) для лечения и профилактики судорог.

Диспансерное лечение и реабилитация
В зависимости от типа и  степени тяжести осложнений заболевания, может потребоваться диспансерное лечение и реабилитация, например:

• Физиотерапия  для улучшения мышечной силы, устранения мышечных контрактур, улучшения координации движений, равновесия и восстановления способности передвигаться.
• Реабилитация для восстановления навыков самообслуживания и использования адаптированных продуктов, которые помогают справляться с повседневными делами.
• Занятия с логопедом  для восстановления контроля за мышцами и их координацией во время речи.
• Психотерапия  для изучения стратегий преодоления стресса и получения новых поведенческих навыков, которые помогут справляться с нарушениями настроения или личностными изменениями. При необходимости могут быть использованы лекарственные препараты.